第一你要办理工厂的相关手续（如果是新开的），搬迁的就得办理搬迁手续；第二你要拿工厂的相关手续到土地管理局去办理相关手续；第三，在此同时你要到环保局地相关部门去办理证件，

根据我国土地管理法的规定，个人可以因兴办乡镇企业申请用地用于建设厂房等建（构）筑物，但所选地必须符合有关土地利用总体规划和当地城镇总体规划，拟建项目必须符合国家和当地产业政策，申请用地必须在国土部门办理农用地转用等建设用地审批手续，必须在规划部门办理选址、规划许可等审批手续，带项目申请用地还须到发改部门办理立项相关手续，到环保部门办理环评审批等相关手续。　

如果农民擅自占用土地自建厂房，属非法占用土地的行为。